La préparation des lames est un facteur clé du succès de la pathologie digitale

Pathologie digitale dans un laboratoire suédois multisite: Région Skåne

Ces dernières années, la pathologie digitale a été davantage reconnue comme un outil de diagnostic clinique et a joué un rôle crucial dans les laboratoires de pathologie. L’un des premiers à avoir adopté la pathologie digitale est le département de génétique et de pathologie cliniques du bureau des services médicaux de la région Skåne, un laboratoire suédois multisite qui produit plus de 800 000 lames d’histopathologie par an. Le département a implémenté la pathologie digitale dans les quatre laboratoires de son organisation, ce qui en fait l’un des plus grands groupes de pathologie digitale au monde dans la pratique clinique. Au total, 18 scanners de lames sont installés, y compris une combinaison de NanoZoomer S360 et S60.

Jusqu’en 2019, l’équipe de pathologistes existante avait des difficultés à traiter tous les dossiers et rendre leur diagnostic. Il était également indispensable de réduire le délai de prise en charge du cancer. La pathologie digitale a été identifiée comme une option pour résoudre ces deux lacunes. Le site de Malmö a participé à l’implémentation et à l’intégration de la pathologie digitale qui s’est déroulée tout au long de l’année 2019 et a impliqué tous les laboratoires. Dès novembre 2019, la région numérisait 100 % de son activité d’histopathologie. L’implémentation a été un processus intensif. Un retour d’information clair et structuré a été demandé aux pathologistes pour évaluer tout problème et permettre au laboratoire de réagir et d’apporter les corrections nécessaires.

Le Dr Kevin Sandeman, pathologiste et responsable de l’unité des pathologistes de Malmö, partage ses expériences et les enseignements tirés de l’implémentation de la pathologie digitale. Il explique les avantages que la pathologie digitale a apportés au laboratoire et évoque l’importance d’une standardisation des lames préparées.

Quels sont les avantages de la pathologie digitale? 

Le Dr Sandeman explique: « Si la pathologie digitale présente de nombreux avantages, la possibilité de travailler à distance, en particulier lors d’une pandémie mondiale telle que la COVID-19, est un énorme atout pour la région. Elle permet également d’effectuer des consultations de groupe sans contact direct.

Dr Kevin Sandeman, pathologiste clinique et chef d’unité pour les pathologistes au département de génétique clinique et de pathologie de Malmö. 

Un diagnostic plus rapide et, par conséquent, une réduction des délais de prise en charge du cancer ont également été observés dans la région. Un diagnostic plus rapide est un indicateur clé et il est prouvé que l’introduction de la pathologie digitale a permis de réduire de 27 % la partie diagnostic, avec une diminution du temps de rendu de résultat de 12,5 %.»

D’un point de vue financier, l’implémentation de la pathologie digitale a permis de réaliser des économies en réduisant le nombre d’heures supplémentaires des pathologistes requises pour la région.

«Un diagnostic plus rapide est un indicateur clé et il est prouvé que l’introduction de la pathologie digitale

a permis de réduire de 27 % la partie diagnostic, avec une diminution du temps de rendu de résultat de 12,5 %.» 

La standardisation des processus de laboratoire dans toute la région a permis de redistribuer des échantillons avant la préparation. Cela permet aux laboratoires qui avaient auparavant des difficultés à terminer leur travail d’envoyer des échantillons à des laboratoires voisins et d’être assurés qu’ils seront traités de la même manière. Les images scannées restent disponibles pour tous les utilisateurs via le système central de gestion des images.

«Les scanners NanoZoomer utilisés par la région Skåne sont configurés pour scanner la majorité des tissus et colorations. » Cela permet de créer un flux de travail fluide avec une interaction minimale des techniciens de laboratoire. Le Dr Sandeman signale que la formation des internes est désormais plus simple grâce à la communication par annotations sur les images. Cela permet également au pathologiste spécialiste d’avoir une vue d’ensemble de tous les cas de formation.

L’introduction de la pathologie digitale a-t-elle affecté le flux de travail du laboratoire?

«La préparation des lames est un facteur clé du succès de la pathologie digitale (...).»

Le Dr Sandeman explique : «Le flux de travail du laboratoire est resté globalement le même. La formation du personnel utilisant le scanner est importante et l’aide à prendre conscience de l’importance de la manière dont le processus de laboratoire affecte l’image scannée finale. La standardisation du processus de laboratoire dans son ensemble a également facilité l’implémentation de la pathologie digitale.» La préparation des lames est un facteur clé du succès de la pathologie digitale et le laboratoire a constaté une amélioration de la qualité du travail produit depuis le début du projet.

Standardisation et qualité des procédures pré-analytiques

Pour que la pathologie digitale atteigne son plein potentiel, les laboratoires doivent se concentrer sur la qualité et la standardisation du pré-analytique.

Le Dr Sandeman souligne que « le passage au digital est un contrôle de qualité difficile pour le laboratoire », car la qualité de l’image numérique dépend entièrement de la qualité de la lame de tissu scannée. La préparation des lames est donc essentielle pour obtenir des images digitalisées de haute qualité. La variation des procédures pré-analytiques entraîne une variation de la coloration et de la qualité d’image. Comme toutes ces procédures pré-analytiques influencent l’image digitalisée, la standardisation facilite la lecture et l’interprétation de l’image.

Walid Jabbar, technicien, à côté du système intégré de coloration des tissus et de montage avec film Tissue-Tek Prisma® Plus et Tissue-Tek Film®.

Le Dr Sandeman ajoute que la variation de la préparation et de la manipulation des lames entre les centres peut entraîner des conflits dans les résultats de numérisation Ainsi, les techniciens de tous les centres doivent standardiser les procédures pré-analytiques. Par exemple, ils ont standardisé l’épaisseur des coupes en microtomie, ce qui simplifie la processus de numérisation. La communication entre les centres pour des solutions standardisées a été un facteur important pour une bonne implémentation de la pathologie digitale.

Faciliter la numérisation

Il est également important pour le laboratoire d’optimiser les facteurs pré-analytiques afin de faciliter la numérisation. En particulier, le choix du montage de lames peut avoir une grande influence. Tous les centres de la région Skåne utilisent à la fois des monteuses de lamelles de verre et des colleuses de film (monteuses de lames Tissue-Tek Film®, Sakura Finetek).

«La qualité des images digitales est similaire pour les lames recouvertes de film et celles recouvertes de lamelle de verre.»

Au total, huit colleuses de film Tissue-Tek Film® sont installées. Le Dr Sandeman indique que la qualité des images numérisées est similaire pour les deux méthodes de montage de lame. Les techniciens qui préparent les lames ont constaté que le montage avec film facilite le processus et minimise les défauts de mise au point. Bien que les lames colorées de routine soient recouvertes de film ou de lamelle de verre, l’utilisation de la colleuse de film présente de nombreux avantages :

• Le processus de montage avec film est plus rapide que le montage avec lamelle de verre

• Les lames recouvertes de film sèchent plus rapidement que les lames recouvertes de lamelle de verre. Les lames montées peuvent être empilées sans coller les unes aux autres et sont immédiatement prêtes pour la numérisation

• Un processus de numérisation plus rapide et un temps de séchage court assurent une synchronisation parfaite avec les scanners à haut débit

• Lors du montage avec film, il n’y a pas de déversement de colle qui pourrait interférer avec le scanner et perturber le processus de numérisation.

«Le montage de lames avec film est bien adapté [à la pathologie digitale] en termes de processus de numérisation.»

Le Dr Sandeman souligne que les techniciens de Malmö ont une nette préférence pour les colleuses de film. Il ajoute qu’avec la colleuse de film, le film est positionné au centre de la lame systématiquement, ce qui élimine ainsi l’ajustement manuel qui peut s’avérer nécessaire si une lamelle de verre n’est pas correctement alignée sur la lame.

L’avenir

L’essor des nouvelles technologies pousse encore plus loin le domaine de la pathologie digitale. L’intelligence artificielle (IA) est une technologie spécifique qui devrait être de plus en plus intégrée à la pathologie digitale. Le Dr Sandeman est un chercheur indépendant dans le domaine de l’IA. Interrogé sur l’importance de la standardisation de la préparation des lames dans la pathologie digitale, il déclare que « la préparation standardisée des lames est centrale dans l’IA ». Il explique en outre que les algorithmes d’IA sont formés pour une tâche spécifique. Par conséquent, chaque artefact devra être pris en compte lors de la formation de l’algorithme. « Si vous ne souhaitez pas mettre constamment à jour l’algorithme prévu pour une tâche spécifique, la standardisation de la préparation des lames est importante. »